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Em nosso laboratório utilizamos abordagens de bioquímica, biologia molecular e bioinformática para investigar alterações globais no padrão de expressão gênica de tumores humanos. Nosso objetivo é compreender as bases moleculares do câncer, identificar novos biomarcadores para diagnóstico precoce/prognóstico clínico e apontar possíveis alvos terapêuticos. Um foco de interesse é a caracterização funcional de RNAs nãocodificadores de proteína (ncRNAs) expressos no genoma humano. Buscamos através desses estudos revelar novos mecanismos de regulação mediados por ncRNAs que contribuam para a transformação maligna ou a progressão de tumores.
Link para apresentação das linhas de pesquisa do laboratório
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Pesquisador Responsável
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Eduardo M. Reis
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CV Lattes
ORCID
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Pesquisador colaborador
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Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes
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CV Lattes
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Triagem funcional de vulnerabilidades na maquinaria epigenética no câncer de pâncreas
O objetivo do projeto é investigar a existência de componentes da maquinaria epigenética que sejam críticos para o estabelecimento de resistência a gemcitabina, a primeira linha de tratamento quimioterápico do adenocarcinoma do pâncreas. Para isso células tumorais naive e quimioresistentes serão interrogados com uma biblioteca customizada de short hairpin RNAs que alveja cerca de 350 genes que codificam proteínas que regulam a cromatina. Espera-se obter informações originais sobre o papel da maquinaria epigenética na aquisição de quimioresistência e apontar alvos promissores para serem explorados em combinação com a gemcitabina no desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas no câncer de pâncreas.
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Doutorandos
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Leonardo Sanches
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CV Lattes
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Redes de co-expressão para identificação de RNAs longos não codificantes em tumores
O projeto aborda o uso de redes de co-expressão gênica para encontrar-se evidências de papéis funcionais de RNAs longos não codificantes (lncRNAs) em tumores. A primeira etapa consiste na criação do pacote em R, LACEN, para simplificar o processo do uso dessas redes no estudo dos lncRNAs. O programa será instalado em um container (Docker) que poderá ser acessado via navegador, em uma interface simples e amigável. Na segunda etapa, utilizaremos as redes de co-expressão em análises pan-câncer de dados de tumores no repositório TCGA harmonizados com dados de tecidos saudáveis do repositório ICGC. Espera-se encontrar lncRNAs relacionados à malignidade com função conservada em diferentes tumores.
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Rafaela Reis Vieira
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Investigação dos mecanismos moleculares de ação de RNAs nãocodificadores longos oncogênicos em tumores de pâncreas
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Rauni Borges Marques
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CV Lattes
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Construção e anotação funcional de redes de interações do ceRNoma no câncer de pâncreas
Diferentes classes de RNAs celulares (mRNA, lncRNA, circRNA) podem atuar como competidores endógenos (ceRNAs, "Competing Endogenous RNAs") de microRNAs , impedindo que estes atuem em seus alvos, constituindo uma rede regulatória com impacto na expressão gênica. O projeto visa realizar uma abordagem integrativa utilizando softwares e algoritmos de bioinformática e conjuntos de dados de expressão e anotação do transcritoma de acesso público para estabelecer uma rede de interações que compõe o ceRNoma do PDAC bem como identificar moléculas e módulos da rede desregulados nos tumores e associados com fenótipos malignos. Visto que o tumor é formado por diferentes subtipos celulares, utilizaremos dados de expressão gênica em células únicas (scRNAseq) para explorar a possibilidade de inferir a expressão do ceRNoma em diferentes componentes do microambiente tumoral.
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Maria Eduarda Mazzi Esquinca
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Avaliação funcional do papel de RNAs não codificadores longos (lncRNAs) oncogênicos no adenocarcinoma pancreático ductal (PCA) através de abordagens ômicas integrativas
O projeto baseia-se na geração e integração de dados de metabolômica e proteômica para aprofundar o conhecimento sobre os mecanismos de ação de seis lncRNAs com propriedades oncogênicas no PCA, identificados recentemente em nosso grupo de pesquisa. Através da análise integrada de alterações no proteoma e no metaboloma após o silenciamento destes transcritos em linhagens de PCA, identificaremos as vias moleculares e metabólicas dependentes da expressão destes lncRNAs. Este projeto também busca avaliar o papel destes RNAs em alterações de vias associadas à aquisição de quimiorresistência. |
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Daniela Bizinelli
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CV Lattes
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Identificação de RNAs longos não codificantes associados ao potencial tronco tumoral em câncer de pâncreas, glioblastoma e melanoma
Células-tronco tumorais (CSCs) contribuem para a quimiorresistência e disseminação metastática de tumores. O projeto propõe uma abordagem inovadora para explorar lncRNAs como biomarcadores de prognóstico e alvos terapêuticos capazes de modular negativamente fenótipos malignos associados ao potencial tronco tumoral em câncer de pâncreas, glioblastoma e melanoma. Para isso, um modelo de predição supervisionado previamente publicado será utilizado para classificação de amostras de pacientes em grupos com alto ou baixo grau tronco tumoral a partir de dados de RNAseq. Os lncRNAs associados com o grau de "stemness" serão investigados quanto a expressão nos diferentes tipos celulares que compõe o microambiente tumoral e ao longo da trajetória de diferenciação de células tumorais utilizando dados de transcriptoma de células únicas (scRNA-seq), além de avaliados em relação a associação com características clinicopatológicas e de resposta ao tratamento.
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Iniciação Científica
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Maria Fernanda Barreto Ignacio de Oliveira
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CV Lattes |
Caracterização de novos nanossistemas para entrega de drogas e compostos de telúrio em modelos celulares de tumores
O projeto envolve a caracterização da eficiência da captação por células tumorais e a citotoxicidade de novos sistemas de entrega de drogas baseados em nanopartículas desenvolvidas no Laboratório de Química Supramolecular e Nanotecnologia (Prof. Koiti Araki). Além disso, em colaboração com o Laboratório de Síntese de Compostos de Enxofre, Selênio e Telúrio (Prof. Alcindo dos Santos), o projeto também integra a análise da citotoxicidade de nanopartículas de Telúrio nos mesmos modelos tumorais. |
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ex-alunos (ocupação atual)
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| Diogo Vieira da Silva Pellegrina |
2020, Doutorado |
Posdoc fellow, Ontario Institute for Cancer Research, Toronto, Canada |
| Arthur Friguglietti Silveira |
2020, Mestrado |
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| Victoria de Paiva Oliveira |
2020, Iniciação Científica |
Analista de laboratório em biologia molecular - grupo DASA |
| Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes |
2019, Doutorado |
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| Vinicius Ferreira da Paixão |
2019, Doutorado |
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| Juliana Sayuri Omiya |
2019, Iniciação Científica |
Analista regulatória - Corteva Brasil |
| Leonardo dos Santos Alixandrino |
2019, Pré Iniciação Científica |
Research Intern, Harvard Medical School, Boston, EUA |
| Murilo Dorión |
2019, Pré Iniciação Científica |
Bacharelado em Bioquímica e Biofísica Molecular - Yale University, EUA |
| Diogo de Oliveira Pessoa |
2019, Mestrado |
Analista de Bioinformática - University of Arizona Cancer Center |
| Omar Julio Sosa |
2019, Doutorado |
Postdoctoral Researcher, Princess Margaret Cancer Centre, UHN, Toronto, Canada |
| Júlio César G. de Sousa Filho |
2017, Mestrado |
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| Ana Luiza Quilici |
2017, Iniciação Científica |
Doutoranda - IQ-USP |
| Nathalia Rocha Lainetti |
2016, Iniciação Científica |
M.Sc. candidate, Biomedical Sciences Program, University of Wisconsin-Milwaukee (UWM) |
| Gabriel Francisco Zaniboni |
2015, Mestrado |
Especialista em ciência de dados - Bayer Brasil |
| Otto Luiz Dutra Cerqueira |
2014, Doutorado |
Senior Research Investigator, University of Pennsylvania, EUA |
| Santiago Andrés Vilella Arias |
2013, Doutorado |
Coordenador de Pesquisa Clínica - Novartis |
| Ana Carolina Tahira |
2013, Doutorado |
Analista de Bioinformática - Inst. Butantan |
| Ana Carolina Ayupe O. Beckedorff |
2012, Doutorado |
Senior Research Associate, Onco-Genomics Shared Resource (OGSR) - Universidade de Miami |
| Lauren Camargo |
2012, Doutorado |
Tecnologista de Laboratório de Desenvolvimento II - Inst. Butantan |
| Camila de Moura Egidio |
2008, Doutorado |
Staff Scientist, R&D - CareDx, Inc., CA, EUA |
| Glauber da Costa de Brito |
2007, Doutorado |
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