Em nosso laboratório utilizamos abordagens de bioquímica, biologia molecular e bioinformática para investigar alterações globais no padrão de expressão gênica de tumores humanos. Nosso objetivo é compreender as bases moleculares do câncer, identificar novos biomarcadores para diagnóstico precoce/prognóstico clínico e apontar possíveis alvos terapêuticos. Um foco de interesse é a caracterização funcional de RNAs nãocodificadores de proteína (ncRNAs) expressos no genoma humano. Buscamos através desses estudos revelar novos mecanismos de regulação mediados por ncRNAs que contribuam para a transformação maligna ou a progressão de tumores.

Pesquisador Responsável

 Eduardo Moraes Rego Reis Eduardo M. Reis
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CV Lattes
ORCID


Técnicos


  Bianca Dazzani Marcolino
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Especialista de laboratório


Alunos de Doutorado

Diogo Vieira da Silva Pellegrina Diogo Vieira da Silva Pellegrina
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Análises integradas de alterações somáticas e transcricionais em tumores de pâncreas

Neste projeto o aluno analisa o sequenciamento do exoma de amostras de tumores de pâncreas, e usa de redes de correlações para compara-lo com os dados de transcritoma a fim de identificar vias moleculares preferencialmente afetadas por alterações somáticas ou trancricionais.

Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes
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Desenvolvimento de xenotransplantes de tumores pancreáticos humanos para varredura genética de alvos moleculares com potencial terapêutico
A partir do estabelecimento de xenotransplantes de amostras de adenocarcinoma ductal pancreático humano, pretende-se identificar vulnerabilidades moleculares nas células tumorais por meio do silenciamento (RNAi) de componentes da maquinaria epigenética, expondo assim potenciais alvos para o tratamento da doença.

Omar Julio Sosa Omar Julio Sosa
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Implementação de análises computacionais para identificação de novos biomarcadores para o diagnóstico molecular de tumores pancreáticos a partir de dados de sequenciamento de nova geração
Pretende-se neste projeto estabelecer um pipeline para o processamento e análise de dados de expressão gênica (RNAseq) de amostras clínicas de adenocarcinoma de pâncreas com foco na identificação de RNAs não codificadores longos. Identificar genes e módulos funcionais afetados no adenocarcinoma de pâncreas, gerando listas de candidatos para caracterização funcional ou biomarcadores que auxiliem no diagnóstico molecular doença.

Vinicius Ferreira da Paixão Vinicius Ferreira da Paixão
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Identificação de novos marcadores para o diagnóstico molecular do adenocarcinoma de pâncreas
O projeto foca na identificação de novos biomarcadores para diagnóstico molecular no câncer de pâncreas partindo da análise de dados de sequenciamento de nova geração, tanto de exoma quanto de transcritoma. Outro objetivo é o aprimoramento do método de análise em escala genômica de amostras de tecido obtidas por aspiração ecoendoscópica por agulha fina (EUS-FNA).

  Ester Risério Matos Bertoldi
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Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes e seu uso para identificação de novos biomarcadores do câncer de pâncreas
Desenvolvimento de um banco de dados relacional para facilitar a mineração de informações a partir de dados genômicos de câncer de pâncreas gerados por nosso laboratório ou por consórcios públicos a fim de priorizar candidatos para caracterização funcional e avaliação de potencial diagnóstico. 


Alunos de Mestrado

 Diogo de Oliveira Pessoa Diogo de Oliveira Pessoa
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Abordagens computacionais para a investigação de RNAs longos não codificadores associados à subtipos moleculares em tumores pancreáticos
Abordagens de reconhecimento de padrões para classificação de tumores pancreáticos. Identificação de subtipos moleculares segundo o perfil de expressão gênica. Inferência funcional e anotação de lncRNAs através da geração e análise de redes de co-expressão.

Arthur Friguglietti Silveira
Arthur Friguglietti Silveira

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Identificação de RNAs não codificadores longos envolvidos na arquitetura celular de tumores pancreáticos
A cultura de células em monocamada é um dos métodos mais utilizados para o estudo das funções biológicas de células tumorais, porém essa técnica representa pobremente a arquitetura celular dos tumores originais. O objetivo deste trabalho é padronizar um método de cultura tridimensional para linhagens tumorais pancreáticas, buscando identificar RNAs não codificadores longos relevantes para a manutenção da organização celular tumoral.


Alunos de Graduação

Victoria de Paiva Oliveira Victoria de Paiva Oliveira
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Validação molecular de novos transcritos expressos em câncer de pâncreas
Validação da expressão e estrutura de novos transcritos e novas isoformas de splicing em linhagens tumorais e xenotumores derivados de pacientes com câncer de pâncreas. Assim, a partir de tais resultados, tem-se como objetivo  revelar potenciais novos biomarcadores para auxílio no diagnóstico precoce e prognóstico clínico do adenocarcinoma ductal pancreático, identificando possíveis alvos terapêuticos.


Ricardo Alberto Chiong Zevallos
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Validação molecular de novos RNAs intergênicos expressos em câncer de pâncreas
 


Alunos de Ensino médio


Leonardo dos Santos Alixandrino
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Bolsista de Pré-Iniciação Científica (PRP-USP, CNPq)

Identificação e estudo de um biomarcador associado com o processo de malignidade do câncer de pâncreas


ex-alunos


Júlio César G. de Sousa Filho 2017, Mestrado
Ana Luiza Quilici 2017, Iniciação Científica
Nathalia Rocha Lainetti 2016, Iniciação Científica
Gabriel Francisco Zaniboni 2015, Mestrado
Otto Luiz Dutra Cerqueira 2014, Doutorado
Santiago Andrés Vilella Arias 2013, Doutorado
Ana Carolina Tahira 2013, Doutorado
Ana Carolina Ayupe O. Beckedorff 2012, Doutorado
Lauren Camargo 2012, Doutorado
Camila de Moura Friedlander 2008, Doutorado
Glauber da Costa de Brito 2007, Doutorado


Departamento de Bioquímica
Instituto de Química
Universidade de São Paulo - USP

Av. Prof. Lineu Prestes, 748 sala 1208
Cidade Universitária
CEP 05508-000 - São Paulo - SP

Fone: +55-11-3091-2173
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